P0A7V8

PR
Gene name
rpsD (ramA, b3296, JW3258)
Protein name
30S ribosomal protein S4
Names
Small ribosomal subunit protein uS4
Species
Escherichia coli (strain K12)
KEGG Pathway
eco:b3296
EC number
Protein Class

Descriptions

The autoinhibited protein was predicted that may have potential autoinhibitory elements via cis-regPred.

Autoinhibitory domains (AIDs)

1-84 (Predicted disordered autoinhibitory region) PR

Target domain

Relief mechanism

Assay

cis-regPred

Accessory elements

No accessory elements

References

Autoinhibited structure

Activated structure

373 structures for P0A7V8

Entry ID Method Resolution Chain Position Source
1EG0 EM 1150 A A 43-200 PDB
2YKR EM 980 A D 2-206 PDB
3J9Y EM 390 A d 1-206 PDB
3J9Z EM 360 A SD 2-206 PDB
3JA1 EM 360 A SD 2-206 PDB
3JBU EM 364 A D 1-206 PDB
3JBV EM 332 A D 1-206 PDB
3JCD EM 370 A d 1-206 PDB
3JCE EM 320 A d 1-206 PDB
3JCJ EM 370 A l 1-206 PDB
3JCN EM 460 A g 1-206 PDB
4A2I EM 1650 A D 2-206 PDB
4ADV EM 1350 A D 2-206 PDB
4U1U X-ray 295 A AD/CD 2-206 PDB
4U1V X-ray 300 A AD/CD 2-206 PDB
4U20 X-ray 290 A AD/CD 2-206 PDB
4U24 X-ray 290 A AD/CD 2-206 PDB
4U25 X-ray 290 A AD/CD 2-206 PDB
4U26 X-ray 280 A AD/CD 2-206 PDB
4U27 X-ray 280 A AD/CD 2-206 PDB
4V47 EM 1230 A BD 2-206 PDB
4V48 EM 1150 A BD 2-206 PDB
4V4H X-ray 346 A AD/CD 1-206 PDB
4V4Q X-ray 346 A AD/CD 2-206 PDB
4V4V EM 1500 A AD 3-206 PDB
4V4W EM 1500 A AD 3-206 PDB
4V50 X-ray 322 A AD/CD 2-206 PDB
4V52 X-ray 321 A AD/CD 2-206 PDB
4V53 X-ray 354 A AD/CD 2-206 PDB
4V54 X-ray 330 A AD/CD 2-206 PDB
4V55 X-ray 400 A AD/CD 2-206 PDB
4V56 X-ray 393 A AD/CD 2-206 PDB
4V57 X-ray 350 A AD/CD 2-206 PDB
4V5B X-ray 374 A BD/DD 2-206 PDB
4V5H EM 580 A AD 2-206 PDB
4V5Y X-ray 445 A AD/CD 2-206 PDB
4V64 X-ray 350 A AD/CD 2-206 PDB
4V65 EM 900 A AR 1-206 PDB
4V66 EM 900 A AR 1-206 PDB
4V69 EM 670 A AD 2-206 PDB
4V6C X-ray 319 A AD/CD 1-206 PDB
4V6D X-ray 381 A AD/CD 1-206 PDB
4V6E X-ray 371 A AD/CD 1-206 PDB
4V6K EM 825 A BH 1-206 PDB
4V6L EM 1320 A AH 1-206 PDB
4V6M EM 710 A AD 2-206 PDB
4V6N EM 1210 A BG 2-206 PDB
4V6O EM 1470 A AG 2-206 PDB
4V6P EM 1350 A AG 2-206 PDB
4V6Q EM 1150 A AG 2-206 PDB
4V6R EM 1150 A AG 2-206 PDB
4V6S EM 1310 A BF 2-206 PDB
4V6T EM 830 A AD 2-206 PDB
4V6V EM 980 A AD 2-206 PDB
4V6Y EM 1200 A AD 1-206 PDB
4V6Z EM 1200 A AD 1-206 PDB
4V70 EM 1700 A AD 1-206 PDB
4V71 EM 2000 A AD 1-206 PDB
4V72 EM 1300 A AD 1-206 PDB
4V73 EM 1500 A AD 1-206 PDB
4V74 EM 1700 A AD 1-206 PDB
4V75 EM 1200 A AD 1-206 PDB
4V76 EM 1700 A AD 1-206 PDB
4V77 EM 1700 A AD 1-206 PDB
4V78 EM 2000 A AD 1-206 PDB
4V79 EM 1500 A AD 1-206 PDB
4V7A EM 900 A AD 1-206 PDB
4V7B EM 680 A AD 1-206 PDB
4V7C EM 760 A AD 2-206 PDB
4V7D EM 760 A BD 2-206 PDB
4V7I EM 960 A BD 1-206 PDB
4V7S X-ray 325 A AD/CD 2-206 PDB
4V7T X-ray 319 A AD/CD 2-206 PDB
4V7U X-ray 310 A AD/CD 2-206 PDB
4V7V X-ray 329 A AD/CD 2-206 PDB
4V85 X-ray 320 A AD 1-206 PDB
4V89 X-ray 370 A AD 1-206 PDB
4V9C X-ray 330 A AD/CD 1-206 PDB
4V9D X-ray 300 A AD/BD 2-206 PDB
4V9O X-ray 290 A BD/DD/FD/HD 1-206 PDB
4V9P X-ray 290 A BD/DD/FD/HD 1-206 PDB
4WF1 X-ray 309 A AD/CD 2-206 PDB
4WOI X-ray 300 A AD/DD 1-206 PDB
4WWW X-ray 310 A QD/XD 2-206 PDB
4YBB X-ray 210 A AD/BD 2-206 PDB
5AFI EM 290 A d 1-206 PDB
5H5U EM 300 A k 2-206 PDB
5IQR EM 300 A i 1-206 PDB
5IT8 X-ray 312 A AD/BD 2-206 PDB
5J5B X-ray 280 A AD/BD 2-206 PDB
5J7L X-ray 300 A AD/BD 2-206 PDB
5J88 X-ray 332 A AD/BD 2-206 PDB
5J8A X-ray 310 A AD/BD 2-206 PDB
5J91 X-ray 296 A AD/BD 2-206 PDB
5JC9 X-ray 303 A AD/BD 2-206 PDB
5JTE EM 360 A AD 1-206 PDB
5JU8 EM 360 A AD 1-206 PDB
5KCR EM 360 A 1d 1-206 PDB
5KCS EM 390 A 1d 1-206 PDB
5KPS EM 390 A 9 1-206 PDB
5KPV EM 410 A 8 1-206 PDB
5KPW EM 390 A 8 1-206 PDB
5KPX EM 390 A 8 1-206 PDB
5L3P EM 370 A d 1-206 PDB
5LZA EM 360 A d 2-206 PDB
5LZB EM 530 A d 2-206 PDB
5LZC EM 480 A d 2-206 PDB
5LZD EM 340 A d 2-206 PDB
5LZE EM 350 A d 2-206 PDB
5LZF EM 460 A d 2-206 PDB
5MDV EM 297 A i 1-206 PDB
5MDW EM 306 A i 1-206 PDB
5MDY EM 335 A i 1-206 PDB
5MDZ EM 310 A i 1-206 PDB
5ME0 EM 1350 A D 1-206 PDB
5ME1 EM 1350 A D 1-206 PDB
5MGP EM 310 A d 2-206 PDB
5MY1 EM 760 A D 2-206 PDB
5NO2 EM 516 A D 2-206 PDB
5NO3 EM 516 A D 2-206 PDB
5NO4 EM 516 A D 2-206 PDB
5NP6 EM 360 A G 2-206 PDB
5NWY EM 293 A 3 1-206 PDB
5O2R EM 340 A d 2-206 PDB
5U4I EM 350 A d 1-206 PDB
5U4J EM 370 A d 1-206 PDB
5U9F EM 320 A D 1-206 PDB
5U9G EM 320 A D 1-206 PDB
5UYK EM 390 A D 2-206 PDB
5UYL EM 360 A D 2-206 PDB
5UYM EM 320 A D 2-206 PDB
5UYN EM 400 A D 2-206 PDB
5UYP EM 390 A D 2-206 PDB
5UYQ EM 380 A D 2-206 PDB
5UZ4 EM 580 A D 1-206 PDB
5WDT EM 300 A d 2-206 PDB
5WE4 EM 310 A d 2-206 PDB
5WE6 EM 340 A d 2-206 PDB
5WF0 EM 360 A d 2-206 PDB
5WFK EM 340 A d 2-206 PDB
5WFS EM 300 A d 2-206 PDB
6AWB EM 670 A G 2-206 PDB
6AWC EM 790 A G 2-206 PDB
6AWD EM 810 A G 2-206 PDB
6BU8 EM 350 A D 2-206 PDB
6BY1 X-ray 394 A AD/BD 2-206 PDB
6C4I EM 324 A d 1-206 PDB
6DNC EM 370 A QA 1-206 PDB
6ENF EM 320 A d 2-206 PDB
6ENJ EM 370 A d 2-206 PDB
6ENU EM 310 A d 2-206 PDB
6GWT EM 380 A d 2-206 PDB
6GXM EM 380 A d 2-206 PDB
6GXN EM 390 A d 2-206 PDB
6GXO EM 390 A d 2-206 PDB
6GXP EM 440 A d 2-206 PDB
6H4N EM 300 A d 2-206 PDB
6H58 EM 790 A d/dd 2-206 PDB
6HRM EM 296 A i 2-206 PDB
6I7V X-ray 290 A AD/BD 2-206 PDB
6NQB EM 380 A D 2-206 PDB
6O7K EM 420 A l 2-206 PDB
6O9J EM 390 A d 2-206 PDB
6O9K EM 400 A d 2-206 PDB
6OFX EM 330 A I 2-206 PDB
6OG7 EM 330 A I 2-206 PDB
6OGF EM 390 A I 1-206 PDB
6OGG EM 420 A I 1-206 PDB
6OGI EM 340 A I 1-206 PDB
6OM6 EM 310 A i 1-206 PDB
6ORE EM 290 A i 2-206 PDB
6ORL EM 350 A i 2-206 PDB
6OSK EM 360 A i 2-206 PDB
6OSQ EM 350 A i 2-206 PDB
6OST EM 420 A i 2-206 PDB
6OT3 EM 390 A i 2-206 PDB
6OUO EM 370 A i 2-206 PDB
6Q97 EM 390 A i 2-206 PDB
6Q98 EM 430 A i 1-206 PDB
6Q9A EM 370 A i 2-206 PDB
6SZS EM 306 A d 1-206 PDB
6TBV EM 270 A S041 1-206 PDB
6TC3 EM 270 A S041 1-206 PDB
6TQO EM 400 A C 1-206 PDB
6VU3 EM 370 A J 2-206 PDB
6VWL EM 310 A c 1-206 PDB
6VWM EM 340 A c 1-206 PDB
6VWN EM 340 A c 1-206 PDB
6VYQ EM 370 A J 1-206 PDB
6VYR EM 380 A J 1-206 PDB
6VYS EM 370 A J 1-206 PDB
6VYT EM 1400 A J 1-206 PDB
6VYU EM 700 A J 1-206 PDB
6VYW EM 700 A J 1-206 PDB
6VYX EM 990 A J 1-206 PDB
6VYY EM 990 A J 1-206 PDB
6VYZ EM 990 A J 1-206 PDB
6VZ2 EM 1000 A J 1-206 PDB
6VZ3 EM 890 A J 2-206 PDB
6VZ5 EM 890 A J 1-206 PDB
6VZ7 EM 700 A J 2-206 PDB
6VZJ EM 410 A J 2-206 PDB
6W6K EM 360 A D 1-206 PDB
6W77 EM 360 A D 1-206 PDB
6W7M EM 380 A D 1-206 PDB
6W7N EM 340 A D 1-206 PDB
6W7W EM 390 A C 1-206 PDB
6WD0 EM 300 A I 2-206 PDB
6WD1 EM 330 A I 2-206 PDB
6WD2 EM 360 A I 2-206 PDB
6WD3 EM 360 A I 2-206 PDB
6WD4 EM 370 A I 2-206 PDB
6WD5 EM 360 A I 2-206 PDB
6WD6 EM 370 A I 2-206 PDB
6WD7 EM 390 A I 2-206 PDB
6WD8 EM 370 A I 2-206 PDB
6WD9 EM 370 A I 2-206 PDB
6WDA EM 380 A I 2-206 PDB
6WDB EM 400 A I 2-206 PDB
6WDC EM 420 A I 2-206 PDB
6WDD EM 320 A I 2-206 PDB
6WDE EM 300 A I 2-206 PDB
6WDF EM 330 A I 2-206 PDB
6WDG EM 330 A I 2-206 PDB
6WDH EM 430 A I 2-206 PDB
6WDI EM 400 A I 2-206 PDB
6WDJ EM 370 A I 2-206 PDB
6WDK EM 360 A I 2-206 PDB
6WDL EM 370 A I 2-206 PDB
6WDM EM 360 A I 2-206 PDB
6WNV EM 350 A I 2-206 PDB
6WNW EM 320 A I 2-206 PDB
6X6T EM 320 A J 1-206 PDB
6X7F EM 350 A J 1-206 PDB
6X7K EM 310 A J 1-206 PDB
6X9Q EM 480 A J 1-206 PDB
6XDQ EM 370 A J 1-206 PDB
6XDR EM 470 A J 1-206 PDB
6XE0 EM 680 A C 2-206 PDB
6XGF EM 500 A J 1-206 PDB
6XII EM 700 A J 1-206 PDB
6XIJ EM 800 A J 1-206 PDB
6XZA EM 266 A D1 2-206 PDB
6XZB EM 254 A D1 2-206 PDB
6Y69 EM 286 A d 2-206 PDB
6ZTJ EM 340 A AD 1-206 PDB
6ZTL EM 350 A AD 1-206 PDB
6ZTM EM 330 A AD 1-206 PDB
6ZTN EM 390 A AD 1-206 PDB
6ZTO EM 300 A AD 1-206 PDB
6ZTP EM 300 A AD 1-206 PDB
6ZU1 EM 300 A AD 1-206 PDB
7ABZ EM 321 A i 2-206 PDB
7AC7 EM 308 A i 2-206 PDB
7ACJ EM 320 A i 2-206 PDB
7ACR EM 344 A i 2-206 PDB
7AFI EM 353 A D 1-206 PDB
7AFL EM 420 A D 1-206 PDB
7AFO EM 393 A D 1-206 PDB
7B5K EM 290 A d 2-206 PDB
7BOD EM 288 A D 1-206 PDB
7BOE EM 290 A D 1-206 PDB
7BOF EM 292 A D 1-206 PDB
7BOG EM 275 A D 1-206 PDB
7BOH EM 282 A D 1-206 PDB
7BOI EM 298 A D 1-206 PDB
7D6Z EM 340 A k 1-206 PDB
7D80 EM 410 A E 1-206 PDB
7JSS EM 370 A I 2-206 PDB
7JSW EM 380 A I 2-206 PDB
7JSZ EM 370 A I 2-206 PDB
7JT1 EM 330 A I 2-206 PDB
7JT2 EM 350 A I 2-206 PDB
7JT3 EM 370 A I 2-206 PDB
7K00 EM 198 A D 1-206 PDB
7K50 EM 340 A I 2-206 PDB
7K51 EM 350 A I 2-206 PDB
7K52 EM 340 A I 2-206 PDB
7K53 EM 320 A I 2-206 PDB
7K54 EM 320 A I 2-206 PDB
7K55 EM 330 A I 2-206 PDB
7LV0 EM 320 A I 2-206 PDB
7M5D EM 280 A i 2-206 PDB
7N1P EM 233 A SD 1-206 PDB
7N2C EM 272 A SD 1-206 PDB
7N2U EM 253 A SD 1-206 PDB
7N2V EM 254 A SD 1-206 PDB
7N30 EM 266 A SD 1-206 PDB
7N31 EM 269 A SD 1-206 PDB
7NAR EM 300 A D 1-206 PDB
7NAS EM 331 A D 1-206 PDB
7NAT EM 359 A D 1-206 PDB
7NAU EM 378 A D 1-206 PDB
7NAV EM 480 A D 1-206 PDB
7NAX EM 296 A D 1-206 PDB
7NBU EM 311 A D 2-206 PDB
7O19 EM 290 A AD 1-206 PDB
7O1A EM 240 A AD 1-206 PDB
7O1C EM 260 A AD 1-206 PDB
7O5H EM 310 A D 2-206 PDB
7OE0 EM 269 A D 2-206 PDB
7OE1 EM 305 A D 2-206 PDB
7OI0 EM 276 A D 2-206 PDB
7OIZ EM 290 A D 1-206 PDB
7OJ0 EM 350 A D 1-206 PDB
7P3K EM 290 A D 1-206 PDB
7PJV EM 310 A d 1-206 PDB
7PJY EM 310 A d 1-206 PDB
7QG8 EM 397 A 3 1-206 PDB
7QGH EM 448 A 3 1-206 PDB
7S1G EM 248 A F 1-206 PDB
7S1H EM 235 A F 1-206 PDB
7S1I EM 248 A F 1-206 PDB
7S1J EM 247 A F 1-206 PDB
7S1K EM 242 A F 1-206 PDB
7SA4 EM 255 A i 1-206 PDB
7SS9 EM 390 A I 2-206 PDB
7SSD EM 330 A I 2-206 PDB
7SSL EM 380 A I 2-206 PDB
7SSN EM 320 A I 2-206 PDB
7SSO EM 320 A I 2-206 PDB
7SSW EM 380 A I 2-206 PDB
7ST2 EM 290 A I 2-206 PDB
7ST6 EM 300 A I 2-206 PDB
7ST7 EM 320 A I 2-206 PDB
7TOS EM 290 A S04 2-206 PDB
7UG7 EM 258 A SD 1-206 PDB
7UPH EM 418 A Y 2-206 PDB
7Y7C EM 251 A D 1-206 PDB
7Y7D EM 258 A D 1-206 PDB
7Y7E EM 241 A D 1-206 PDB
7Y7F EM 243 A D 1-206 PDB
7Y7G EM 234 A D 1-206 PDB
7Y7H EM 251 A D 1-206 PDB
7ZTA EM 270 A S041 2-206 PDB
8A3L EM 342 A D 1-206 PDB
8AKN EM 230 A E 1-206 PDB
8AM9 EM 280 A E 1-206 PDB
8AYE EM 196 A D 1-206 PDB
8B0X EM 155 A D 1-206 PDB
8B7Y EM 300 A F 1-206 PDB
8BF7 EM 233 A h 1-206 PDB
8BGE EM 211 A h 1-206 PDB
8BGH EM 288 A h 1-206 PDB
8BH4 EM 262 A h 1-206 PDB
8BHJ EM 281 A h 1-206 PDB
8BHL EM 221 A h 1-206 PDB
8BHN EM 285 A h 1-206 PDB
8BHP EM 237 A h 1-206 PDB
8BIL EM 204 A h 1-206 PDB
8BIM EM 204 A h 1-206 PDB
8CAI EM 208 A D 1-206 PDB
8CEP EM 204 A D 1-206 PDB
8CGJ EM 179 A D 1-206 PDB
8CGR EM 212 A D 1-206 PDB
8CGU EM 189 A D 1-206 PDB
8EIU EM 224 A D 1-206 PDB
8EKC EM 270 A d 1-206 PDB
8EMM EM 210 A D 1-206 PDB
8EYQ EM 330 A D 1-206 PDB
8EYT EM 280 A D 1-206 PDB
8FIZ EM 380 A AI 1-206 PDB
8FTO EM 185 A D 1-206 PDB
8G6W EM 202 A D 1-206 PDB
8GHU EM 300 A d 2-206 PDB
8IFB EM 243 A D 1-206 PDB
8IFC EM 290 A D 1-206 PDB
8JSG EM 460 A l 2-206 PDB
8JSH EM 440 A l 1-206 PDB
8PHJ EM 367 A D 1-206 PDB
8PVA EM 450 A D 1-206 PDB
8SYL EM 290 A d 1-206 PDB
AF-P0A7V8-F1 Predicted AlphaFoldDB

4 variants for P0A7V8

Variant ID(s) Position Change Description Diseaes Association Provenance
51 Y>D rpsD101; suppresses a temperature-sensitive mutant of release factor 1, R137P. Not a ram mutation [UniProt] No
170 W>del rpsD16; suppresses streptomycin dependence in protein S12. A ram mutation [UniProt] No
177 K>GRYV rpsD12; suppresses streptomycin dependence in protein S12. A ram mutation [UniProt] No
179 E>ARYV rpsD14; suppresses streptomycin dependence in protein S12. A ram mutation [UniProt] No

No associated diseases with P0A7V8

3 regional properties for P0A7V8

Type Name Position InterPro Accession
domain Ribosomal protein S4/S9, N-terminal 3 - 95 IPR001912
domain RNA-binding S4 domain 96 - 160 IPR002942
conserved_site Ribosomal protein S4, conserved site 94 - 118 IPR018079

Functions

Description
EC Number
Subcellular Localization
PANTHER Family
PANTHER Subfamily
PANTHER Protein Class
PANTHER Pathway Category No pathway information available

4 GO annotations of cellular component

Name Definition
cytoplasm The contents of a cell excluding the plasma membrane and nucleus, but including other subcellular structures.
cytosol The part of the cytoplasm that does not contain organelles but which does contain other particulate matter, such as protein complexes.
cytosolic small ribosomal subunit The small subunit of a ribosome located in the cytosol.
small ribosomal subunit The smaller of the two subunits of a ribosome.

4 GO annotations of molecular function

Name Definition
mRNA 5'-UTR binding Binding to an mRNA molecule at its 5' untranslated region.
mRNA regulatory element binding translation repressor activity Antagonizes the ribosome-mediated translation of mRNA into a polypeptide via direct binding (through a selective and non-covalent interaction) to nucleic acid.
rRNA binding Binding to a ribosomal RNA.
structural constituent of ribosome The action of a molecule that contributes to the structural integrity of the ribosome.

8 GO annotations of biological process

Name Definition
cytoplasmic translation The chemical reactions and pathways resulting in the formation of a protein in the cytoplasm. This is a ribosome-mediated process in which the information in messenger RNA (mRNA) is used to specify the sequence of amino acids in the protein.
DNA-templated transcription termination The completion of transcription: the RNA polymerase pauses, the RNA-DNA hybrid dissociates, followed by the release of the RNA polymerase from its DNA template.
maintenance of translational fidelity Suppression of the occurrence of translational errors, such as codon-anticodon mis-paring, during the process of translation of a protein using an mRNA template.
negative regulation of translational initiation Any process that stops, prevents, or reduces the frequency, rate or extent of translational initiation.
positive regulation of translational fidelity Any process that increases the ability of the translational apparatus to interpret the genetic code.
response to antibiotic Any process that results in a change in state or activity of a cell or an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of an antibiotic stimulus. An antibiotic is a chemical substance produced by a microorganism which has the capacity to inhibit the growth of or to kill other microorganisms.
ribosomal small subunit assembly The aggregation, arrangement and bonding together of constituent RNAs and proteins to form the small ribosomal subunit.
transcription antitermination Regulation of transcription by a mechanism that allows RNA polymerase to continue transcription beyond termination site(s).

7 homologous proteins in AiPD

UniProt AC Gene Name Protein Name Species Evidence Code
A6QLG5 RPS9 40S ribosomal protein S9 Bos taurus (Bovine) PR
P55935 RpS9 40S ribosomal protein S9 Drosophila melanogaster (Fruit fly) PR
P46781 RPS9 40S ribosomal protein S9 Homo sapiens (Human) PR
Q6ZWN5 Rps9 40S ribosomal protein S9 Mus musculus (Mouse) PR
P29314 Rps9 40S ribosomal protein S9 Rattus norvegicus (Rat) PR
Q20228 rps-9 40S ribosomal protein S9 Caenorhabditis elegans PR
Q9FLF0 RPS9C 40S ribosomal protein S9-2 Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) PR
10 20 30 40 50 60
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK
70 80 90 100 110 120
VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH
130 140 150 160 170 180
KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE LAEQREKPTW LEVDAGKMEG
190 200
TFKRKPERSD LSADINEHLI VELYSK